Metodiche biomolecolari

Attività e laboratori IZSVe sulle metodiche biomolecolari

I laboratori dell’Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie sono responsabili dell’applicazione di metodi molecolari per la ricerca di patogeni in matrici alimentari. L’attività diagnostica viene svolta in modo sinergico da più laboratori dell’IZSVe (SCS1, SCS8 San Donà e Vicenza, SCT1 Verona, SCT4 Pordenone, SCT5 Trento, SCT6 Bolzano) operanti nell’ambito delle attività di controllo ufficiale ed autocontrollo nel settore alimentare, coordinati dalla Piattaforma biomolecolare Biofood della SCS1.

L’attività della Piattaforma biomolecolare Biofood è finalizzata allo sviluppo e validazione di metodiche biomolecolari destinate all’identificazione e tipizzazione dei principali patogeni a trasmissione alimentare. Il Laboratorio ha in carico le analisi relative alla ricerca di OGM in campioni destinati al consumo umano ed animale. Inoltre, si occupa della tipizzazione di ceppi batterici derivanti sia dall’attività diagnostica in ambito alimentare e di produzione primaria, sia dall’attività di ricerca.

In dettaglio le attività della Piattaforma biomolecolare Biofood sono:

• ricerca e identificazione di Norovirus, Epatite A, Escherichia coli produttori di Shiga Toxin (STEC);
• ricerca di Organismi Geneticamente Modificati (OGM);
• identificazione di specie animali in alimenti e mangimi di origine animale;
• sub-tipizzazione molecolare di patogeni alimentari tramite Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) ed Multi-locus VNTR Analysis (MLVA).

Il laboratorio è coinvolto inoltre in progetti di ricerca scientifica che prevedono principalmente lo sviluppo, messa a punto e validazione di metodi alternativi, diagnostici e di tipizzazione di patogeni alimentari.

Referente IZSVe per le metodiche biomolecolari

Anna Antonia Lettini
Piattaforma biomolecolare (Biofood)
SCS1 – Microbiologia generale e sperimentale
Tel.: 049 8084165
E-mail: alettini@izsvenezie.it
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Metodiche biomolecolari applicate dall’IZSVe

Pulsed field gel electrophoresis (PFGE)

L’elettroforesi in campo elettrico pulsato (Pulsed field gel electrophoresis o PFGE) è una tecnica di fingerprinting molecolare che permette la caratterizzazione di ceppi batterici. Questa metodica prevede la frammentazione enzimatica del genoma batterico propedeutica alla separazione dei frammenti generati mediante corsa elettroforetica (PFGE). Quest’ultima, a differenza delle elettroforesi convenzionali, presuppone la presenza di un campo elettrico pluridirezionale e pulsato, che consente la separazione dei frammenti di grandi dimensioni generati fornendo per ciascun ceppo batterico indagato un profilo genetico specifico (fingerprint) utile nelle investigazioni epidemiologiche sia a fini comparativi che di monitoraggio.

Multiple Loci VNTR Analysis (MLVA)

Multiple Loci VNTR Analysis (MLVA) è una tecnica di tipizzazione molecolare utilizzata per genotipizzare i ceppi batterici, basata sulla caratterizzazione dei polimorfismi legati alla presenza nel genoma batterico di sequenze ripetute in tandem denominate VNTR (variable number tandem repeat). Questo approccio fornisce marker utilizzabili negli studi epidemiologici finalizzati alla sorveglianza e alla caratterizzazione dei focolai di infezione epidemici.

Array in fase liquida

Il sistema di array in fase fluida Bio-Plex impiega la tecnologia Luminex xMAP (Multiplex Analyte Profiling) che permette di caratterizzare e quantificare numerosi analiti nel medesimo campione biologico in maniera altamente sensibile e rapida. La tecnica prevede l’utilizzo di microsfere marcate con opportuni fluorofori sulla cui superficie vengono legate molecole marker che consentono la cattura dei target oggetto del saggio (anticorpi o antigeni nel caso in cui il target siano proteine, sequenze geniche se il target sono acidi nucleici). Il sistema Bio-Plex è molto versatile e viene impiegato per eseguire saggi immunologici, per studiare interazioni enzima-substrato o recettore-ligando e in studi genetico-molecolari.