Di seguito i risultati ottenuti nell’ambito dell’attività sorveglianza coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) “Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) e di altre varianti di SARS-CoV-2 in Italia” sui campioni positivi per COVID-19 notificati in Veneto il 13 dicembre 2022.

È stato ottenuto il genoma completo di 205 campioni inviati da 11 diversi laboratori distribuiti nella regione. Il 100% dei campioni analizzati appartiene alla variante Omicron.

Varianti identificate

All’interno della variante Omicron si distinguono cinque lineage principali BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 e BA.5 e diversi sublineage. BA.2, BA.4 e BA.5 e relativi sublineage sono classificati da ECDC come VOC (Varianat of Concern). Nel corso della sorveglianza del 13 dicembre in Veneto sono stati identificati i seguenti lineage:

Variante %
BA.5 e sublineage (BA.5*) 88,8%
BA.2 e sublineage (BA.2*) 10,2%
BA.4 e sublineage (BA.4*) 1,0%
Dettaglio dei sublineage identificati
Lineage Sublineage N. Sequenze
BA.2* BN.1.3.1 3
BN.1.4 1
BN.1.5 5
BN.3.1 1
BR.2.1 1
CH.1.1 5
CM.6.1 2
XBB 1
XBB.1 2
BA.4* BA.4.6 2
BA.5* BA.5.1 4
BA.5.1.12 1
BA.5.1.23 1
BA.5.1.28 1
BA.5.1.5 1
BA.5.11 1
BA.5.2 5
BA.5.2.1 5
BA.5.2.20 1
BA.5.2.28 1
BA.5.2.34 1
BA.5.2.35 1
BA.5.2.6 3
BA.5.3.1 3
BF.26 1
BF.7 15
BF.7.4 2
BF.7.5 7
BF.7.7 1
BF.7.8 1
BQ.1 6
BQ.1.1 80
BQ.1.1.1 3
BQ.1.1.13 9
BQ.1.1.15 2
BQ.1.1.18 6
BQ.1.1.28 1
BQ.1.1.3 1
BQ.1.10 5
BQ.1.11 1
BQ.1.14 1
BQ.1.23 1
BQ.1.3 1
BQ.1.5 2
BT.2 3
CE.1 1
CK.2.1.1 1
CL.1 1
CP.1 1

Nel corso di questa sorveglianza le varianti BA.4 e BA.5 complessivamente hanno raggiunto una prevalenza del 89.8%, in calo rispetto alla sorveglianza del mese di novembre (93.7%). Il lineage BA.2 è aumentato di 4 punti percentuale rispetto al mese di novembre (6.3%), ed ha raggiunto la prevalenza del 10.2%.

All’interno di questa sorveglianza si segnalano i seguenti lineage tutti identificati dal WHO come VUM (Variant Under Monitoring):

  • BQ.1 (e sublineage) è stata designata il 20 ottobre 2022 come VOI (Variant of Interest) dall’ECDC. La prevalenza di tale variante sta crescendo sia in Europa che negli Sati Uniti rispetto agli altri lineage Omicron circolanti. In questa sorveglianza ha raggiunto la prevalenza del 58,0%, il doppio rispetto alla sorveglianza del mese di novembre (29.1%). Rispetto al lineage BA.5, tale variante si caratterizza per le mutazioni K444T, N460K (BQ.1.X) e R346T (BQ.1.1.X) a livello del dominio di legame al recettore. Sulla base dell’andamento segnalato dall’ECDC si può notare come la percentuale di BQ.1* sia in aumento in Italia a partire dal mese di settembre. Il primo caso di BQ.1* notificato in Veneto risale al 13 settembre.
  • XBB (e sublineage) è stato identificato per la prima volta in Veneto nel corso del mese di novembre. XBB è un ricombinante dei sublineage BA.2, BJ.1 (BA.2.10.1.1) e BM.1.1.1 (BA.2.75.3.1.1.1) (punto di ricombinazione a livello del Receptor Binding Domain della proteina Spike), classificato come VUM (Variant Under Monitoring) dal WHO. Al momento in Italia si contano 160 sequenze XBB* (GISAID 21/12/2022). Questo lineage è attualmente dominante a Singapore.
    Un recente studio che ha messo a confronto due sublineage della variante XBB, XBB.1 e XBB.3, con il sublineage BA.5.2, ha dimostrato che XBB.1 e XBB.3 hanno una capacità di evasione dalla risposta immunitaria indotta dal vaccino o da una precedente infezione maggiore rispetto a BA.5.2. Il lineage BA.5.2 non sembra indurre anticorpi neutralizzanti contro le sottovarianti XBB. Pertanto, il rischio di reinfezione è molto più elevato nei pazienti con una storia di infezione da BA.5.2 o che hanno ricevuto un vaccino bivalente. Sebbene siano necessari ulteriori studi, i dati attuali non indicano differenze sostanziali nella gravità della malattia causata da XBB.
  • BN*, BR*, CH* (BA.2.75.X) sono sublineage rispettivamente di BA.2.75.5*, di BA.2.75.4* e BA.2.75.3.4.1.1*. Rispetto al lineage BA.2, essi presentano 9 mutazioni aggiuntive a livello della Spike (S:K147E, S:W152R, S:F157L, S:I210V, S:G257S, S:D339H, S:G446S, S:N460K, reversione Q493R). La percentuale di tutti i sublineage appartenenti a BA.2.75.X ha raggiunto il 7% in netto aumento rispetto al mese di novembre (1.7%).
    Si segnala in particolare la presenza del lineage CH.1.1 (BA.2.75.3.4.1.1.1.1) individuato per la prima volta in Veneto a fine novembre in provincia di Padova e rilevato in 5 campioni nel corso di questa sorveglianza nelle province di Vicenza, Verona e Treviso. Questo lineage presenta le mutazioni S:R346T, S:K444T, S:L452R, S:F486S nella Spike in aggiunta a quelle presenti nel suo lineage di provenienza, il lineage BA.2.75. Data la presenza di queste mutazioni aggiuntive a livello dell’RBD si ipotizza che questo lineage possa avere una immuno-evasività superiore ai gruppi genetici da cui deriva. In Austria e in Germania sono state rilevate sequenze appartenenti a questo lineage recanti una mutazione aggiuntiva a livello della Spike (S:P681R). Si pensa che tale mutazione, evidenziata nella variante Delta, sia responsabile di un aumento di fusogenicità e patogenicità nei virus che la possiedono. Tale mutazione non è stata rilevata nei campioni isolati nel corso di questa sorveglianza.
  • CM.6.1 (BA.2.3.20.6.1) è stato rilevato in due campioni della provincia di Treviso ed è classificato come VUM (Variant Under Monitoring) dal WHO. Rispetto al lineage BA.2, esso presenta 9 mutazioni aggiuntive a livello della Spike (S:M153T, S:N164K, S:H245N, S:G257D, S:K444R, S:N450D, S:L452M, S:N460K, S:E484R). Tale variante è stata segnalata per la prima volta in Veneto lo scorso settembre e il suo rilevamento si conferma per ora sporadico.
  • BF.7 (e sublineage) è stato rilevato nel 12.7% delle sequenze analizzate in questa sorveglianza, in calo rispetto alla sorveglianza di novembre (17.7%).

Di seguito si può osservare il cambiamento percentuale dei lineage BA.2.75*, BF.7* E BQ.1* rispetto alle due sorveglianze precedenti del 4 ottobre e dell’8 novembre.

Distribuzione sul territorio

I lineage si ripartiscono nelle diverse province del Veneto come segue:

Provincia BA.2* BA.4* BA.5*
Belluno 50,0%  – 50,0%
Padova 2,3% 2,3% 95,4%
Rovigo – 12,5% 87,5%
Treviso 14,8% – 85,2%
Venezia 2,7%  – 97,3%
Verona 10,3% – 89,7%
Vicenza 13,7%  – 86,3%

In particolare la distribuzione percentuale dei lineage BQ.1* e BF.7* e BA.2.75*(BN*, BR* e CH*) nelle varie province è la seguente:

Provincia BQ.1 e sublineage BF.7 e sublineage BA.2.75 e sublineage
Belluno 40,0% – 50,0%
Padova 62,8% 14,0% 2,3%
Rovigo 62,5% – –
Treviso 48,1% 14,8% 3,7%
Venezia 64,9% 10,8% 2,7%
Verona 69,0% 13,8% 6,9%
Vicenza 51,0% 15,7% 11,8%

Ringraziamenti

Si ringraziano l’UOSD Genetica e Citogenetica – Azienda ULSS 3 Serenissima per aver contribuito alla generazione delle sequenze e le ULSS 1, ULSS 2, ULSS4, ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, le U.O.C Microbiologia e virologia dell’Azienda ospedaliera-Università di Padova e dell’Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno selezionato e inviato i campioni oggetto della sorveglianza.