Di seguito i risultati ottenuti nell’ambito dell’attività sorveglianza coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) “Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) e di altre varianti di SARS-CoV-2 in Italia” sui campioni positivi per COVID-19 notificati in Veneto l’8 novembre 2022.

È stato ottenuto il genoma completo di 175 campioni inviati da 12 diversi laboratori distribuiti nella regione. Il 100% dei campioni analizzati appartiene alla variante Omicron.

Varianti identificate

All’interno della variante Omicron si distinguono cinque lineage principali BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 e BA.5 e diversi sublineage. BA.2, BA.4 e BA.5 e relativi sublineage sono classificati da ECDC come VOC (Varianat of Concern). Nel corso della sorveglianza dell’8 novembre in Veneto sono stati identificati i seguenti lineage:

Variante %
BA.5 e sublineage 90,3%
BA.2 e sublineage 6,3%
BA.4 e sublineage 3,4%
Dettaglio dei <em>sublineage</em> identificati
Lineage Sublineage N sequenze Percentuale
BA.2* BA.2.3.20 1 0,57
CM.6 1 0,57
BM.2.1 1 0,57
BN.1.2.1 1 0,57
BN.1.4 1 0,57
BS.1.1 1 0,57
XBB.1 5 2,86
BA.4* BA.4.6 6 3,43
BA.5* BA.5.1 20 11,43
BA.5.1.10 2 1,14
BA.5.1.12 2 1,14
BA.5.1.5 4 2,29
BA.5.2 15 8,57
BA.5.2.1 10 5,71
BA.5.2.12 1 0,57
BA.5.2.20 6 3,43
BA.5.2.22 1 0,57
BA.5.2.34 2 1,14
BA.5.2.6 3 1,71
BA.5.2.9 2 1,14
BA.5.9 1 0,57
BE.1.1 2 1,14
BF.14 2 1,14
BF.28 1 0,57
BF.5 1 0,57
BF.7 25 14,29
BF.7.4 2 1,14
BF.7.4.1 1 0,57
BF.7.5 3 1,71
BQ.1 8 4,57
BQ.1.1 25 14,29
BQ.1.1.13 1 0,57
BQ.1.1.15 3 1,71
BQ.1.1.5 2 1,14
BQ.1.10 6 3,43
BQ.1.13 1 0,57
BQ.1.14 1 0,57
BQ.1.15 1 0,57
BQ.1.2 2 1,14
BQ.1.5 1 0,57
CP.1 1 0,57

All’interno di questa sorveglianza si segnalano i seguenti lineage tutti identificati dal WHO come VUM (Variant Under Monitoring):

  • BQ.1 (e sublineage) è una variante designata il 20 ottobre 2022 come VOI (Variant of Interest) dall’ECDC. Essa sta mostrando un significativo vantaggio di crescita sia in Europa che negli Sati Uniti rispetto agli altri lineage Omicron circolanti. In questa sorveglianza ha raggiunto la prevalenza del 29,1%. Nella scorsa sorveglianza questo lineage non era stato rilevato. Rispetto al lineage BA.5, tale variante si caratterizza per le mutazioni K444T, N460K (BQ.1.X) e R346T (BQ.1.1.X) a livello del dominio di legame al recettore. Sulla base dell’andamento segnalato dall’ECDC si può notare come la percentuale di BQ.1* sia in aumento in Italia a partire dal mese di settembre. Il primo caso di BQ.1* notificato in Veneto risale al 13 settembre.
  • XBB (e sublineage) è stato identificato per la prima volta in Veneto nel corso di questa sorveglianza in 5 campioni delle province di Treviso, Rovigo e Venezia. XBB è un ricombinante dei sublineage BA.2, BJ.1 (BA.2.10.1.1) e BM.1.1.1 (BA.2.75.3.1.1.1) (punto di ricombinazione a livello del Receptor Binding Domain della proteina Spike). Al momento in Italia si contano 31 sequenze XBB* (GISAID 15/11/2022). Sebbene siano necessari ulteriori studi, i dati attuali non indicano differenze sostanziali nella gravità della malattia causata da XBB. Tuttavia, uno studio preliminare in pre-print dimostra che, sebbene il booster del vaccino BA.5-bivalente (quarta dose) conferisca una migliore capacità neutralizzante rispetto ai precedenti vaccini, questo non è in grado di produrre una risposta neutralizzante robusta nei confronti delle nuove varianti emergenti BA.2.75, BQ.1.1 e XBB.1. Tra queste, XBB.1 è la variante che mostra i livelli più elevati di evasione dalla risposta immunitaria indotta dal vaccino.
  • BM*e BN* (BA.2.75.X) sono sublineage rispettivamente di BA.2.75.3* e di BA.2.75.5*. Rispetto al lineage BA.2, essi presentano 9 mutazioni aggiuntive a livello della Spike (S:K147E, S:W152R, S:F157L, S:I210V, S:G257S, S:D339H, S:G446S, S:N460K, Q493R). In particolare il lineage BN.1.2.1 è stato rilevato in provincia di Vicenza, il lineage BN.1.4 in provincia di Padova e il lineage BM.2.1 in provincia di Venezia.
  • BF.7 (e sublineage) è stato rilevato nel 17,7% delle sequenze analizzate in questa sorveglianza e risulta in netto aumento rispetto alla sorveglianza di ottobre (7,01%)

Di seguito si può osservare il cambiamento percentuale dei lineage BA.2.75*, BA.4.6, BF.7* E BQ.1* rispetto alle due sorveglianze precedenti del 6 settembre e 4 ottobre.

Lineage SARS-CoV-2 in Veneto / settembre-dicembre 2022

Distribuzione sul territorio

I lineage si ripartiscono nelle diverse province della Regione del Veneto come segue:

Provincia BA.2* BA.4* BA.5*
Belluno 100,0%
Padova 3,7% 3,7% 92,6%
Rovigo 12,5% 87,5%
Treviso 8,0% 4,0% 88,0%
Venezia 8,7% 8,7% 82,6%
Verona 100,0%
Vicenza 5,6% 94,4%

In particolare, la distribuzione percentuale dei lineage BQ.1* e BF.7* e BA.2.75*(BM* E BN*) nelle varie province è la seguente:

Provincia BQ.1 e sublinegae BF.7 e sublineage BA.2.75 e sublineage
Belluno 23,1% 15,4%
Padova 29,6% 11,1% 3,7%
Rovigo 62,5% 12,5%
Treviso 24,0% 16,0%
Venezia 15,2% 23,9% 2,2%
Verona 50,0% 8,3%
Vicenza 30,6% 22,2% 2,8%

Ringraziamenti

Si ringraziano l’UOSD Genetica e Citogenetica – Azienda ULSS 3 Serenissima per aver contribuito alla generazione delle sequenze e le ULSS 1, ULSS 2, ULSS4, ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, le U.O.C Microbiologia e virologia dell’Azienda ospedaliera-Università di Padova e dell’Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno selezionato e inviato i campioni oggetto della sorveglianza.