Di seguito i risultati ottenuti nell’ambito dell’attività sorveglianza coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) “Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) e di altre varianti di SARS-CoV-2 in Italia” sui campioni positivi per COVID-19 notificati in Veneto il 4 ottobre 2022.
È stato ottenuto il genoma completo di 214 campioni prelevati nelle date del 3-4 ottobre 2022 e inviati da 13 diversi laboratori distribuiti nella regione. Il 100% dei campioni analizzati appartiene alla variante Omicron
Varianti identificate
All’interno della variante Omicron si distinguono cinque lineage principali BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 e BA.5 e diversi sublineage. BA.2, BA.4 e BA.5 e relativi sublineage sono classificati da ECDC come VOC (Varianat of Concern).
Nel corso della sorveglianza del 4 ottobre in Veneto sono stati identificati i seguenti lineage:
| Variante | % |
|---|---|
| BA.5 e sublineage (BA.5, BA.5.1, BA.5.1.1, BA.5.1.10, BA.5.1.2, BA.5.1.3, BA.5.2, BA.5.2.1, BA.5.2.3, BA.5.2.4, BA.5.3.1, BA.5.9, BE.1.1, BF.14, BF.5, BF.7) |
93,0% |
| BA.4 e sublineage (BA.4.1, BA.4.6) | 4,7% |
| BA.2 e sublineage (BA.2.35, BA.2.75) | 2,3% |
In Veneto le varianti BA.4 e BA.5 complessivamente hanno raggiunto una prevalenza del 97.7%, percentuale praticamente invariata rispetto alla sorveglianza del mese di settembre (98.1%). Il lineage BA.2.75 risulta avere una prevalenza del 1,87% (4 campioni su 214).
La distribuzione delle varianti nel Veneto risulta in linea con l’andamento europeo in base a quanto è stato riportato dal Centro europeo per la prevenzione e il controllo delle malattie (ECDC) il 7 ottobre 2022. La percentuale di BA.4/BA.5 e di BA.2.75 risultano infatti essere pari, rispettivamente, al 98.7% e allo 0.9%.
Rispetto alle sorveglianze precedenti del 2 agosto e 6 settembre 2022, la percentuale dei principali lineages risulta seguire l’andamento riportato nel grafico sottostante. Nello specifico si può notare come i lineage BA.2.75, BA.4.6 e BF.7 siano aumentati rispettivamente di 1.87, 3.2 e 7.01 punti percentuali negli ultimi due mesi. L’aumento di questi lineage è stato riscontrato anche negli Stati Uniti nell’arco dello stesso periodo.
Distribuzione sul territorio
I lineage identificati nel corso di questa sorveglianza sono così distribuiti tra le province del Veneto:
| Provincia | BA.2 | BA.4 | BA.5 |
|---|---|---|---|
| Belluno | – | 8,3% | 91,7% |
| Padova | – | 3,1% | 96,9% |
| Rovigo | – | 11,1% | 88,9% |
| Treviso | 4,3% | 4,3% | 91,3% |
| Venezia | 4,5% | 4,5% | 90,9% |
| Verona | 2,8% | – | 97,2% |
| Vicenza | 2,2% | 6,5% | 91,3% |
Nello specifico la percentuale dei lineages BA.2.75, BA.4.6 e BF.7 nelle varie province risulta essere la seguente:
| Provincia | BA.2.75 | BA.4.6 | BF.7 |
|---|---|---|---|
| Belluno | – | 8,3% | 4,2% |
| Padova | – | 3,1% | 3,1% |
| Rovigo | – | 11,1% | 11,1% |
| Treviso | 4,3% | 4,3% | 8,7% |
| Venezia | 2,3% | 2,3% | 6,8% |
| Verona | 2,8% | – | 5,6% |
| Vicenza | 2,2% | 4,3% | 10,9% |
Mutazioni
Nel corso di questa sorveglianza sono state individuate a livello della proteina Spike diverse mutazioni coinvolte in fenomeni di antibody escape e antigenic drift. Si segnalano in particolare le mutazioni al residuo R346 e K444.
In posizione R346 è stata riscontrata infatti la mutazione R346T presente nel 15,9% delle sequenze effettuate, individuata nei lineages BA.2.75, BF.7, BA.5.1, BA.4.6, BE.1.1, BA.5.2, BA.5.2.1. Nella stessa posizione sono state individuate altre due mutazioni, R346S e R346I presenti rispettivamente nello 0,5% (lineage BA.5.3.1) e nello 0.9% (lineage BA.5.9) delle sequenze analizzate.
In posizione K444 sono state invece individuate le tre mutazioni K444R (lineage BA.5.2.4), K444N (lineage BA.5.1.10) e K444T (lineage BE.1.1) presenti nei primi due casi nello 0,5% delle sequenze analizzate e nel terzo caso nel 5,1%.
Si è osservata inoltre, nella posizione L452, la mutazione L452Q presente con una frequenza dello 0.5% (lineage BA.2.35). Questa mutazione è risultata essere coinvolta in fenomeni di antibody escape.
Si segnala infine la delezione Y144del implicata nei fenomeni di host change e antigenic drift, presente nel 3,7% delle sequenze effettuate e individuata nei lineages BA.5.2, BF.7, BA.5.1, BE.1.1.
Ringraziamenti
Si ringraziano l’UOSD Genetica e Citogenetica – Azienda ULSS 3 Serenissima per aver contribuito alla generazione delle sequenze e le ULSS 1, ULSS 2, ULSS4, ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, le U.O.C Microbiologia e virologia dell’Azienda ospedaliera-Università di Padova e dell’Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno selezionato e inviato i campioni oggetto della sorveglianza.
