Varianti SARS-CoV-2 in Veneto: virus ricombinante della variante Omicron (BA.1/BA.2) e risultati della sorveglianza ISS sui campioni notificati il 3 maggio 2022

Di seguito un aggiornamento sulle varianti di SARS-CoV-2 circolanti in Veneto, inclusi i risultati ottenuti nell’ambito dell’attività sorveglianza coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) “Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) e di altre varianti di SARS-CoV-2 in Italia” sui campioni positivi per COVID-19 notificati in Veneto il 3 maggio 2022.

Virus ricombinanti della variante Omicron in Veneto

Per ricombinazione si intende lo scambio di materiale genetico tra due varianti virali che infettano    e replicano all’interno della medesima cellula, con conseguente generazione di un virus “chimera” il cui genoma è un mix delle due varianti. La ricombinazione è un evento comune per i virus membri della famiglia Coronaviridae come SARS-CoV-2.

La costante attività di sequenziamento del Laboratorio di genetica, citogenetica e diagnostica molecolare dell’Ospedale dell’Angelo di Mestre (VE) e dei laboratori dell’Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie (IZSVe) ha permesso di identificare ad inizio maggio in Veneto altri due virus ricombinanti nelle province di Venezia e Padova. Si tratta di due virus con caratteristiche genetiche differenti. Nello specifico,  l’analisi della sequenza genetica ha rivelato che il virus della provincia di Venezia è simile ai ricombinanti BA.1.1\BA.2, denominati XM, identificati in diversi paesi europei (Germania, Danimarca, Croazia, Paesi Bassi, Austria, Portogallo, Inghilterra e Scozia), ma si differenzia da questi per alcune mutazioni caratteristiche (2 nell’ORF1a , 2 nella Spike, 1 nell’N). Si tratta della prima identificazione di tale ricombinante in Veneto. La proteina Spike di questo ricombinante possiede la sequenza tipica del lineage BA.2, ma si distingue da questo per l’assenza di una mutazione peculiare  di BA.2 (S:R408S), e per l’acquisizione della mutazione S:G446V presente in soli altri 59 virus a livello globale, nessuno di questi in Italia (in base ai dati disponibili in GISAID al 16/05/2022). Ad oggi non si conoscono le caratteristiche fenotipiche di tale variante.

Il secondo  possibile ricombinante BA.1\BA.2 è stato identificato in provincia di Padova. Anche questo ricombinante non risulta simile a nessun altro virus precedentemente identificato in Veneto. Ulteriori approfondimenti genetici sono in corso.

Sorveglianza ISS: risultati delle analisi sui campioni notificati in Veneto il il 3 maggio 2022

È stato ottenuto il genoma completo di 233 campioni inviati da 14 diversi laboratori distribuiti nella regione.  Il 100% dei campioni analizzati appartiene alla variante Omicron.

All’interno della variante Omicron si distinguono cinque diversi lineage (BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 e BA.5) e relativi sub-lineages, di cui BA.1 e  BA.2  sono classificati da ECDC come VOC (Variant of Concern), mentre BA.4 e BA.5 come VOI (Variants of Interest). In Veneto sono stati identificati i lineage BA.1.1 (0.9%), BA.2 e suoi sublineages (98.7%) e un ricombinante BA.1.1/BA.2 (0.4%), descritto sopra (ricombinante della provincia di Venezia). Nel dettaglio:

Rispetto alla precedente sorveglianza del 4 aprile, il lineage BA.2 è passato da una frequenza dell’ 89.8% a una frequenza del 98.7%, confermandosi il lineage prevalente in Veneto.

Ringraziamenti

Si ringraziano l’UOSD Genetica e Citogenetica – Azienda ULSS 3 Serenissima per aver contribuito alla generazione delle sequenze e le ULSS 1, ULSS 2,  ULSS4, ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, le U.O.C Microbiologia e virologia dell’Azienda ospedaliera-Università di Padova e dell’Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno selezionato e inviato i campioni oggetto della sorveglianza.