Di seguito i risultati ottenuti nell’ambito dell’attività sorveglianza coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) “Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) e di altre varianti di SARS-CoV-2 in Italia” sui campioni positivi per COVID-19 notificati in Veneto il 7 febbraio 2023.
È stato ottenuto il genoma completo di 81 campioni inviati da 9 diversi laboratori distribuiti nella regione. Il 100% dei campioni analizzati appartiene alla variante Omicron.
Varianti identificate
All’interno della variante Omicron si distinguono cinque lineage principali BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 e BA.5 e diversi sublineage. BA.2, BA.4 e BA.5 e relativi sublineage sono classificati da ECDC come VOC (Variant of Concern). Nel corso della sorveglianza del 7 febbraio in Veneto sono stati identificati i seguenti lineage:
| Variante | % |
|---|---|
| BA.5 e sublineage (BA.5*) | 66,67% |
| BA.2 e sublineage (BA.2*) | 13,58% |
| Ricombinanti | 19,75% |
Nel corso di questa sorveglianza il lineage BA.5* ha raggiunto una prevalenza del 66.7%, in calo rispetto alla sorveglianza del mese di gennaio (86.1%). La maggior parte dei campioni BA.5 (45/54) appartiene alla sottovariante BQ.1 (Cerberus).
Il lineage BA.2* è aumentato di quasi 5 punti percentuali rispetto al mese di gennaio (8.9%) ed ha raggiunto la prevalenza del 13.6%. Tale crescita è determinata principalmente dall’incremento dei casi associati alla variante CH.1.1 (Orthrus), che rappresenta l’8.64% dei campioni caratterizzati.
La percentuale di ricombinanti è salita al 19.75%, in netto aumento rispetto alla sorveglianza di gennaio (4.4%). La quasi totalità dei ricombinanti (15/16) è rappresentata dal lineage XBB*, all’interno del quale si contano 10 sequenze (12.3%) appartenenti alla sottovariante XBB.1.5 (Kraken) e 3 sequenze appartenenti alle sottovarianti XBB.1.9 e XBB.1.9.1, queste ultime identificate in Veneto per la prima volta nel corso di questa sorveglianza. Una sola sequenza ricombinante non ricade nel lineage XBB* ed è rappresentata dalla variante XBF, identificata in Veneto a partire da dicembre 2022.
All’interno di questa sorveglianza si segnalano i seguenti lineage identificati dal WHO e dall’ECDC come VUM (Variant Under Monitoring) o VOI (Variants of Interest):
- BQ.1 e sublineage (Cerberus) (↓), appartenete alla variante BA.5*, si riconferma il lineage più rappresentato in Veneto con una prevalenza del 55.6%. Rispetto alla precedente sorveglianza la sua frequenza è diminuita di quasi 11 punti percentuali.
- Ricombinante XBB e sublineage (↑) è stato identificato per la prima volta in Veneto nel corso del mese di novembre. XBB è un ricombinante dei sublineage BA.2, BJ.1 (BA.2.10.1.1) e BM.1.1.1 (BA.2.75.3.1.1.1) (punto di ricombinazione a livello del Receptor Binding Domain della proteina Spike). Al momento in Italia si contano 458 sequenze XBB* (GISAID 15/02/2023). Il repentino aumento in Veneto di XBB* di più di 15 punti percentuali rispetto alla sorveglianza di gennaio è attribuibile principalmente all’aumento dei casi associati alla variante XBB.1.5 (Kraken), decuplicati nel corso dell’ultimo mese, e all’ingresso nella nostra regione della variante XBB.1.9*. In dettaglio:
- XBB.1.5 (Kraken) identificato in 10 campioni provenienti dalle province di Padova, Treviso, Venezia e Vicenza. Questa sottovariante presenta la mutazione F486P nella proteina spike che ne aumenta l’infettività virale a causa dell’aumentata affinità di legame per il recettore umano ACE2 (hACE2). Tale affinità di legame, associata alla sua elevata capacità di evasione della risposta immunitaria, ha permesso un rapido aumento di prevalenza di questa sottovariante in diversi paesi dell’Europa, dove la percentuale stimata si aggira intorno al 7.4% (tra il 4.9% e il 14.6% in cinque stati, selezionati tra quelli con un numero di sequenziamenti adeguato). Attualmente in Italia sono presenti 149 sequenze XBB.1.5 (GISAID 15/02/2023), di cui 29 in Veneto.
Nel documento di valutazione del rischio relativo alla variante XBB.1.5 stilato dal WHO in data 25 gennaio 2023 viene segnalato che, sulla base delle sue caratteristiche genetiche e delle stime del tasso di crescita, è probabile che XBB.1.5 possa contribuire all’ aumento dell’incidenza dei casi di SARS-CoV-2 a livello globale. In base all’analisi dei rapporti provenienti da diversi paesi tale variante non sembra causare un aumento della gravità della malattia, sebbene il numero ancora basso di casi renda difficile una valutazione accurata delle forme cliniche associate all’infezione da XBB.1.5. Prese nel loro insieme, le informazioni disponibili non suggeriscono che XBB.1.5 possa aumentare i rischi per la salute pubblica rispetto ad altri lineage discendenti da Omicron attualmente in circolazione.
Negli Stati Uniti XBB.1.5 è in aumento in molti Stati e viene stimata attorno al 74.7% (95% PI –Predicition Interval- 67.0-81.2%). Nella settimana dal 23 al 29 gennaio nel Regno Unito la percentuale di XBB.1.5 è stata pari al 16%. - XBB.1.9.1 si sta rapidamente diffondendo in Indonesia, Sud Est Asiatico (Singapore) e in alcune parti dell’Europa (Austria e Germania). Come XBB.1.5, anch’esso possiede la mutazione F486P, riscontrata in percentuale inferiore anche nel sublineage XBB.1.9. Tutti e tre i campioni XBB.1.9* (due XBB.1.9.1 provenienti dalla provincia di Vicenza e un XBB.1.9 della provincia di Venezia), individuati in Veneto per la prima volta nel corso di questa sorveglianza, presentano la mutazione F486P. Attualmente in Italia sono presenti 19 sequenze appartenenti al sublineage XBB.1.9* di cui 15 XBB.1.9.1 e 4 XBB.1.9 (GISAID 15/02/2023).
- XBB.1.5 (Kraken) identificato in 10 campioni provenienti dalle province di Padova, Treviso, Venezia e Vicenza. Questa sottovariante presenta la mutazione F486P nella proteina spike che ne aumenta l’infettività virale a causa dell’aumentata affinità di legame per il recettore umano ACE2 (hACE2). Tale affinità di legame, associata alla sua elevata capacità di evasione della risposta immunitaria, ha permesso un rapido aumento di prevalenza di questa sottovariante in diversi paesi dell’Europa, dove la percentuale stimata si aggira intorno al 7.4% (tra il 4.9% e il 14.6% in cinque stati, selezionati tra quelli con un numero di sequenziamenti adeguato). Attualmente in Italia sono presenti 149 sequenze XBB.1.5 (GISAID 15/02/2023), di cui 29 in Veneto.
- XBF: è un ricombinante dei lineage BA.5.2.3 e CJ.1 (BA.2.75.3.1.1.1.1) con potenziale sito di ricombinazione prima della posizione 9866 (ORF1a). Nel corso dell’ultimo mese la sua incidenza in Australia è arrivata al 27% (https://cov-spectrum.org/explore/Australia/AllSamples/Past1M/variants?pangoLineage=xbf*&). In Italia sono presenti 51 sequenze appartenenti a questa variante di cui 8 in Veneto (GISAID 15/02/2023). Al momento non ci sono indicazioni che questa sottovariante possa causare malattie gravi rispetto alle precedenti sottovarianti di Omicron.
- BN*, CH* (BA.2.75.X) (↑) sono sublineage rispettivamente di BA.2.75.5*, BA.2.75.3.4.1*. La percentuale di tutti i sublineage appartenenti a BA.2.75.X ha raggiunto il 13.6%, in netto aumento rispetto al mese di gennaio (8.23%). Tale crescita è determinata principalmente dall’incremento dei casi associati alla variante CH.1.1 (Orthrus), che ha raggiunto una prevalenza del 8.64% (3.8% nella sorveglianza di gennaio). Nel Regno Unito, CH.1.1 ha raggiunto una prevalenza superiore al 28% diventando il secondo lineage più diffuso nel paese, grazie al suo vantaggio di crescita rispetto a BQ.1.1.
- BF.7 e sublineage (↓) è stato rilevato nell’6.2% delle sequenze analizzate in questa sorveglianza, in calo rispetto alla sorveglianza di gennaio (8.2%)
Di seguito si può osservare il cambiamento percentuale dei lineage BA.2.75*, BF.7*, BQ.1* e XBB* rispetto alle due sorveglianze precedenti del 8 novembre, 13 dicembre e del 10 gennaio:
Distribuzione sul territorio
I lineage si ripartiscono nelle diverse province del Veneto come segue:
| Provincia | BA.2* | BA.5* | Ricombinanti |
|---|---|---|---|
| Belluno | – | 100,0% | – |
| Padova | 38,5% | 53,8% | 7,7% |
| Rovigo | – | 100,0% | – |
| Treviso | – | 87,5% | 12,5% |
| Venezia | 10,0% | 50,0% | 40,0% |
| Verona | – | 100,0% | – |
| Vicenza | 21,1% | 52,6% | 26,3% |
In particolare la distribuzione percentuale dei lineage BQ.1*, BF.7*, BA.2.75* (BN*, CH*) e XBB* nelle varie province è la seguente:
| Provincia | BQ.1 e sublinegae | BF.7 e sublineage | BA.2.75 e sublineage | XBB* |
|---|---|---|---|---|
| Belluno | 66,7% | 33,3% | – | – |
| Padova | 53,8% | – | 38,5% | 7,7% |
| Rovigo | 100,0% | – | – | – |
| Treviso | 87,5% | – | – | 12,5% |
| Venezia | 35,0% | 10,0% | 10,0% | 35,0% |
| Verona | 100,0% | – | – | – |
| Vicenza | 26,3% | 10,5% | 21,1% | 26,3% |
Ringraziamenti
Si ringraziano l’UOSD Genetica e Citogenetica – Azienda ULSS 3 Serenissima per aver contribuito alla generazione delle sequenze e le ULSS 1, ULSS 2, ULSS4, ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, le U.O.C Microbiologia e virologia dell’Azienda ospedaliera-Università di Padova e dell’Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno selezionato e inviato i campioni oggetto della sorveglianza.
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