Di seguito i risultati ottenuti nell’ambito dell’attività sorveglianza coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) “Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) e di altre varianti di SARS-CoV-2 in Italia” sui campioni positivi per COVID-19 notificati in Veneto il 10 gennaio 2023.

È stato ottenuto il genoma completo di 158 campioni inviati da 13 diversi laboratori distribuiti nella regione. Il 100% dei campioni analizzati appartiene alla variante Omicron.

Varianti identificate

All’interno della variante Omicron si distinguono cinque lineage principali BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 e BA.5 e diversi sublineage. BA.2, BA.4 e BA.5 e relativi sublineage sono classificati da ECDC come VOC (Variant of Concern). Nel corso della sorveglianza del 10 gennaio in Veneto sono stati identificati i seguenti lineage:

Variante %
BA.5 e sublineage (BA.5*) 86,1%
BA.2 e sublineage (BA.2*) 8,9%
BA.4 e sublineage (BA.4*) 0,6%
Ricombinanti 4,4%
Dettaglio dei <em>sublineage</em> identificati
Lineage Sublineage N sequenze Percentuale
BA.2* BM.1.1.1 1 0,63%
BN.1.2 2 1,27%
BN.1.4 2 1,27%
BN.1.5 1 0,63%
CH.1.1 6 3,80%
CJ.1 1 0,63%
CM.7 1 0,63%
BA.4* BA.4.6 1 0,63%
BA.5* BA.5.1 5 3,16%
BA.5.1.5 1 0,63%
BA.5.2 5 3,16%
BA.5.2.6 1 0,63%
BA.5.3.1 1 0,63%
BF.7 10 6,33%
BF.7.4 3 1,90%
BQ.1 5 3,16%
BQ.1.1 66 41,77%
BQ.1.1.1 2 1,27%
BQ.1.1.13 13 8,23%
BQ.1.1.15 1 0,63%
BQ.1.1.18 2 1,27%
BQ.1.1.28 2 1,27%
BQ.1.1.3 1 0,63%
BQ.1.1.5 3 1,90%
BQ.1.1.7 1 0,63%
BQ.1.10 2 1,27%
BQ.1.10.1 3 1,90%
BQ.1.11 1 0,63%
BQ.1.13 1 0,63%
BQ.1.15 1 0,63%
BQ.1.5 1 0,63%
BU.1 1 0,63%
CL.1 1 0,63%
CP.1 2 1,27%
BA.5.3.1 1 0,63%
Ricombinanti XBB.1 1 0,63%
XBB.1.5 2 1,27%
XBF 2 1,27%
XBG 1 0,63%
XBJ 1 0,63%

Nel corso di questa sorveglianza le varianti BA.4 e BA.5 complessivamente hanno raggiunto una prevalenza del 86,7% (86,1% delle quali sono BA.5), in calo rispetto alla sorveglianza del mese di dicembre (89,8%). Il lineage BA.2 è calato di 1 punto percentuale rispetto al mese di dicembre (10,2%) ed ha raggiunto la prevalenza del 8.9%. Sono stati identificati 7 campioni ricombinanti di cui tre appartenenti alla variante XBB (XBB.1 e XBB.1.5) e tre appartenenti alle varianti XBF, XBG e XBJ, due delle quali (XBG e XBJ) identificate in Veneto per la prima volta. Il numero di virus ricombinanti risulta in aumento rispetto alla sorveglianza di dicembre, in cui sono stati rilevati 3 campioni ricombinanti, tutti appartenenti alla variante XBB.

All’interno di questa sorveglianza si segnalano i seguenti lineage tutti identificati dal WHO come VUM (Variant Under Monitoring):

  • BQ.1 e sublineage (Cerberus), appartenete alla variante BA.5, si riconferma il lineage più rappresentato in Veneto con una prevalenza del 66.5%. Rispetto alla precedente sorveglianza la sua frequenza è aumentata di 8,5 punti percentuali.
  • Ricombinante XBB e sublineage è stato identificato per la prima volta in Veneto nel corso del mese di novembre. XBB è un ricombinante dei sublineage BA.2, BJ.1 (BA.2.10.1.1) e BM.1.1.1 (BA.2.75.3.1.1.1) (punto di ricombinazione a livello del Receptor Binding Domain della proteina Spike). In questa sorveglianza si segnala la presenza di due sequenze appartenenti al sublineage XBB.1.5 (Kraken), una nella provincia di Vicenza e una nella provincia di Verona. Nell’ultimo update dell’ECDC del 9 gennaio 2023 si stima che il sublineage XBB.1.5 abbia un notevole vantaggio di crescita rispetto ai lineage circolanti in Nord America (109%) e Europa (113%). Tale variante desta preoccupazione negli Stati Uniti dove è arrivata a rappresentare, nella settimana terminata il 14 gennaio 2023, il 43% circa delle sequenze analizzate. Il vantaggio di crescita di questa variante sembra possa essere una conseguenza dell’elevata capacità di evasione della risposta immunitaria (già dimostrata da XBB), combinata a una maggiore affinità di legame per il recettore umano ACE2 (hACE2) rispetto alle sottovarianti BQ.1.1 e XBB/XBB.1. Tale affinità di legame deriva della presenza della mutazione S486P nella proteina Spike che differenzia XBB.1.5 da XBB e XBB.1. L’elevata affinità per hACE2 potrebbe consentire a XBB.1.5 di acquisire in futuro ulteriori mutazioni responsabili di un aumento di fenomeni di immune escape, e per tale ragione il suo andamento va attentamente monitorato a livello globale.
    Sulla base delle sequenze depositate in GISAID al 9 gennaio 2023, tale variante è stata rilevata prevalentemente negli Stati Uniti (4111 sequenze) e nel Regno Unito (202 sequenze) ma anche in diversi paesi Europei tra i quali l’Italia (5 sequenze di cui 2 individuate in provincia di Venezia a fine dicembre da parte dell’UOSD Genetica e Citogenetica dell’Ospedale dell’Angelo di Mestre).
  • BM, BN, CH, CJ (BA.2.75.X) sono sublineage rispettivamente di BA.2.75.3, di BA.2.75.5, BA.2.75.3.4.1.1, BA.2.75.3.4.1.1.1.1. Rispetto al lineage BA.2, la variante BA.2.75.X presenta 9 mutazioni aggiuntive a livello della Spike (S:K147E, S:W152R, S:F157L, S:I210V, S:G257S, S:D339H, S:G446S, S:N460K, reversione Q493R). La percentuale di tutti i sublineage appartenenti a BA.2.75.X (Centaurus) ha raggiunto l’8.2%, in leggero aumento rispetto al mese di dicembre (7.8%).
    In particolare il lineage CH.1.1 (BA.2.75.3.4.1.1.1.1), individuato per la prima volta in Veneto a fine novembre in provincia di Padova, è stato rilevato nel 3.8% delle sequenze analizzate in questo monitoraggio. La mutazione S:P681R, responsabile di un aumento di fusogenicità e patogenicità nei virus che la possiedono, non è stata rilevata.
  • CM.7 (BA.2.3.20.7) è stato identificato in un campione della provincia di Rovigo. Rispetto al lineage BA.2, la variante BA.2.3.20 presenta 9 mutazioni aggiuntive a livello della Spike (S:M153T, S:N164K, S:H245N, S:G257D, S:K444R, S:N450D, S:L452M, S:N460K, S:E484R). Tale variante è stata segnalata per la prima volta in Veneto lo scorso settembre e il suo rilevamento si conferma per ora sporadico.
  • BF.7 e sublineage è stato rilevato nell’8,2% delle sequenze analizzate in questa sorveglianza, in calo rispetto alla sorveglianza di dicembre (12,7%)

Di seguito si può osservare il cambiamento percentuale dei lineage BA.2.75*, BF.7* E BQ.1* rispetto alle due sorveglianze precedenti del 8 novembre e del 13 dicembre.

Varianti SARS-CoV-2 in Veneto, andamento gennaio 2023

Segnaliamo inoltre l’identificazione di virus ricombinanti XBF, XBG, XBJ, derivati tutti da eventi di ricombinazione avvenuti tra il lineage BA.2 e il lineage BA.5, in particolare:

  • XBF è un ricombinante dei lineage BA.5.2.3 e CJ.1 (BA.2.75.3.1.1.1.1) con potenziale sito di ricombinazione prima della posizione 9866 (ORF1a).
  • XBJ è un ricombinante dei lineage BA.2.3.20 e BA.5.2 con potenziale punto di ricombinazione tra la proteina Spike e la ORF3a (23015-25809).
  • XBG è un ricombinante dei lineage BA.2.76 e BA.5.2 con potenziale sito di ricombinazione all’interno della proteina Spike (22601 e 22915).

Tali ricombinanti sono già stati individuati sporadicamente in Italia. In Veneto, la variante XBF è stata identificata nella provincia di Verona a dicembre da parte dell’UOC Microbiologia, AOUI Verona, mentre si tratta della prima individuazione delle varianti XBG e XBJ.

Distribuzione sul territorio

I lineage si ripartiscono nelle diverse province del Veneto come segue:

Provincia BA.2* BA.4* BA.5* Ricombinanti
Belluno 25,0% 75,0%
Padova 15,6% 75,0% 9,4%
Rovigo 7,7% 92,3%
Treviso 90,0% 10,0%
Venezia 6,3% 3,1% 90,6%
Verona 7,1% 89,3% 3,6%
Vicenza 8,0% 88,0% 4,0%

In particolare la distribuzione percentuale dei lineage VUM BQ.1, BF.7,  BA.2.75 (BM, BN, CH, CJ) e XBB nelle varie province è la seguente:

Provincia BQ.1 e sublineage BF.7 e sublineage BA.2.75 e sublineage XBB e sublineage
Belluno 62,5% 25,0%
Padova 50,0% 9,4% 15,6%
Rovigo 84,6%
Treviso 60,0% 15,0% 5,0%
Venezia 71,9% 3,1% 6,3%
Verona 67,9% 14,3% 7,1% 3,6%
Vicenza 76,0% 8,0% 8,0% 4,0%

Ringraziamenti

Si ringraziano l’UOSD Genetica e Citogenetica – Azienda ULSS 3 Serenissima per aver contribuito alla generazione delle sequenze e le ULSS 1, ULSS 2, ULSS4, ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, le U.O.C Microbiologia e virologia dell’Azienda ospedaliera-Università di Padova e dell’Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno selezionato e inviato i campioni oggetto della sorveglianza.