Questo report descrive le caratteristiche genetiche di campioni di SARS-CoV-2 identificati in Veneto tra il 2 novembre 2020 e il 15 ottobre 2021.

Su mandato regionale l’Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie (IZSVe) sta monitorando le caratteristiche genetiche e la variabilità dei ceppi di SARS-CoV-2 presenti in Veneto. L’emergere di mutazioni nel genoma di agenti virali ad RNA come SARS-CoV-2 è un evento naturale ed atteso. Cambiamenti nella trasmissibilità del virus, nella gravità della malattia, nella capacità del virus di sfuggire all’immunità acquisita (post-infezione o vaccinazione) e ai test diagnostici in uso: questi sono gli elementi cruciali che definiscono le dinamiche di interazione di SARS-CoV-2 con la popolazione ospite. Sequenziare il genoma di un virus significa poter riconoscere l’emergere di varianti virali che possono modificare l’andamento e l’impatto dell’epidemia. Le mutazioni più interessanti sono a livello della proteina Spike del virus data l’importanza che questa riveste per il legame con i recettori cellulari e perché verso di essa sono rivolti i principali anticorpi che danno la protezione verso l’infezione e le forme cliniche.

Si ringraziano tutti coloro che hanno condiviso le sequenze nel database pubblico GISAID, le ULSS 1, ULSS 2, ULSS 3, ULSS 4, ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, U.O.C Microbiologia e virologia dell’Azienda ospedaliera-università di Padova e dell’Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno inviato i campioni oggetto di questo report e l’UOSD Genetica e Citogenetica – Azienda ULSS 3 Serenissima per aver contribuito alla generazione delle sequenze.

In evidenza

  • Il 100% dei campioni caratterizzati in Veneto dall’IZSVe nei mesi di settembre e ottobre 2021 appartiene alla variante Delta. Tale variante si è evoluta in distinti sublineages. In particolare, in Veneto, il 51% delle sequenze ottenute appartiene al lineage B.1.617.2, mentre il restante 49% ricade all’interno di 24 sublineages della variante Delta (AY.x).
  • Il risultato della sorveglianza “Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) in Italia: beta, gamma, delta e altre varianti di SARS-CoV-2” del 28 settembre, coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS), ha evidenziato la presenza al 100% di variante Delta in Veneto, confermando il dato ottenuto durante la sorveglianza del mese precedente (24 agosto 2021).
  • Ad oggi, sono stati trovati in Veneto 28 campioni appartenenti al sublineage AY.4.2, pari al 2,5% dei campioni analizzati nello stesso periodo (23/08/2021-15/10/2021).

Limiti dello studio

Il numero di campioni del Veneto sequenziati ad oggi è limitato rispetto al numero di casi positivi nella regione e fornisce solo un’istantanea parziale delle possibili varianti circolanti nel territorio.

Descrizione dei nuovi campioni sequenziati in questo report

Nell’ambito del DGR 1424 del 21/10/2020 e successiva nota regionale (prot. n. 304579) è stato ottenuto il genoma completo di un totale di 4174 campioni, di cui 4138 prelevati tra novembre 2020 e ottobre 2021 e 36 campioni raccolti tra marzo e ottobre 2020.

Resoconto delle varianti rilevate in Veneto

Tra aprile e ottobre 2021, complessivamente nella regione sono stati sequenziati 2.728 campioni appartenenti alla variante Delta provenienti da tutte le province del Veneto.

Nei mesi di settembre e ottobre 2021, il 99,9% dei campioni identificati nella regione appartiene alla variante Delta (figura 1, tabella 1), lineage B.1.617.2, e a 24 dei suoi differenti sublineages. I lineage e sublineages B.1.617.2, AY.4 e AY.4.2 sono quelli più diffusi negli ultimi due mesi (figura 2, tabella 1).

Figura 1. Grafico dei principali lineage identificati in Veneto da gennaio 2021 a ottobre 2021. Nell’asse delle ordinate è riportata la frequenza delle principali varianti identificate

Figura 1. Grafico dei principali lineage identificati in Veneto da gennaio 2021 a ottobre 2021. Nell’asse delle ordinate è riportata la frequenza delle principali varianti identificate

Tabella 1. Lista delle varianti identificate in Veneto da gennaio 2021 al 15 ottobre 2021. I dati riportati fanno riferimento solamente ai virus di cui si dispone di sequenze del genoma completo ottenute da IZSVe o disponibili in GISAID
Name Lineage gen feb mar apr mag giu lug ago set ott*
Alpha e sublineages 7 49 271 272 201 151 47 1 0 0
Alpha B.1.1.7 7 49 271 266 201 150 45 1 0 0
Alpha Q.1 0 0 0 5 0 1 2 0 0 0
Alpha Q.2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
Beta e sublineages 0 0 1 3 10 2 0 0 0 0
Beta B.1.351 0 0 0 0 8 1 0 0 0 0
Beta B.1.351.2 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0
Beta B.1.351.3 0 0 1 2 1 0 0 0 0 0
Gamma e sublineages 1 4 7 7 16 30 10 0 0 0
Gamma P.1 0 1 0 0 2 4 1 0 0 0
Gamma P.1.1 1 3 6 7 8 24 9 0 0 0
Gamma P.1.15 0 0 0 0 6 2 0 0 0 0
Gamma P.1.16 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
Delta e sublineages 0 0 0 17 53 136 931 793 596 202
Delta B.1.617.2 0 0 0 17 53 116 796 533 296 113
Delta AY.11 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
Delta AY.12 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0
Delta AY.14 0 0 0 0 0 0 0 15 3 0
Delta AY.19 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1
Delta AY.20 0 0 0 0 0 0 0 4 1 0
Delta AY.21 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
Delta AY.23 0 0 0 0 0 0 0 2 6 0
Delta AY.23.1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0
Delta AY.24 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0
Delta AY.25 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
Delta AY.26 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0
Delta AY.3 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
Delta AY.33 0 0 0 0 0 0 2 23 7 0
Delta AY.34 0 0 0 0 0 7 7 11 17 4
Delta AY.36 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0
Delta AY.38 0 0 0 0 0 1 0 6 2 0
Delta AY.39 0 0 0 0 0 0 1 4 8 3
Delta AY.39.1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
Delta AY.4 0 0 0 0 0 5 28 61 167 57
Delta AY.4.2 0 0 0 0 0 0 0 1 16 11
Delta AY.4.3 0 0 0 0 0 0 0 0 6 3
Delta AY.4.5 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0
Delta AY.40 0 0 0 0 0 0 0 2 5 0
Delta AY.5 0 0 0 0 0 0 6 12 7 2
Delta AY.5.2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
Delta AY.6 0 0 0 0 0 0 51 64 16 1
Delta AY.7.1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
Delta AY.7.2 0 0 0 0 0 0 21 28 11 0
Delta AY.9 0 0 0 0 0 5 14 20 19 7
Eta B.1.525 0 2 6 22 3 2 0 0 0 0
Kappa B.1.617.1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
AZ.2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0
B.1.1.318 0 0 4 0 0 1 0 0 0 0
B.1.621 0 0 0 0 0 17 3 0 0 0
B.1.621.1 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0
C.36.3 0 0 0 5 6 2 0 0 0 0
A.21 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
AH.3 0 1 0 0 0 3 0 0 0 0
B.1 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0
B.1.1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
B.1.1.136 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
B.1.1.317 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0
B.1.1.34 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
B.1.526 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
B.1.499 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
B.1.1.353 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0
B.1.1.420 0 1 4 0 0 0 0 0 0 0
B.1.160 5 5 2 0 0 0 0 0 0 0
B.1.177 29 14 6 3 0 0 0 0 0 0
B.1.177.10 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
B.1.177.51 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0
B.1.177.53 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
B.1.177.75 0 2 4 0 0 0 0 0 0 0
B.1.177.83 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0
B.1.221 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
B.1.258 0 12 2 1 0 0 1 0 0 0
B.1.258.17 0 4 7 2 1 0 0 0 0 0
B.1.620 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0
B.1.629 0 0 0 0 4 3 0 0 0 0
L.3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
N.5 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
P.2 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0
None 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0

Monitoraggio dei sublineages della variante Delta considerati come Variants under monitoring (VUM) (ECDC, report del 21 ottobre 2021)

Il Centro europeo per la prevenzione e il controllo delle malattie (ECDC) ha designato cinque sublineages della variante Delta come VUM, a causa della presenza di alcune mutazioni nella proteina Spike che meritano particolare attenzione (sottolineate): B.1.617.2+K417N, B.1.617.2+E484X (dove X indica qualsiasi sostituzione aminoacidica), B.1.617.2+Q613H, B.1.617.2+Q677H, B.1.617.2+Y145H e A222V (sublineage AY.4.2). È stata quindi effettuata un’ulteriore analisi sulle sequenze di settembre e ottobre analizzate in questo report (798), ai fini di evidenziare l’eventuale presenza di queste VUM:

  • B.1.617.2 + K417N: nessuna sequenza analizzata appartiene a questa VUM.
  • B.1.617.2 + E484Q: 3 sequenze appartengono a questa VUM. La mutazione E484Q si trova nel dominio recettoriale della proteina Spike, e può ridurre la capacità neutralizzante di specifici anticorpi monoclonali.
  • B.1.617.2 + Q613H: 30 sequenze appartengono a questa VUM. La mutazione Q613H è tipica del lineage A.23, e si pensa che possa avere conseguenze simili alla mutazione D614G (aumento dell’infettività, della stabilità della proteina Spike in conformazione trimerica e del clivaggio da parte della furina).
  • B.1.617.2 + Q677H: 26 sequenze appartengono a questa VUM. La mutazione Q677H è tipica delle varianti Eta (B.1.525) e C36.3; si trova nel sito di legame della furina per il clivaggio S1/S2, e potrebbe pertanto avere effetti sull’ingresso del virus nella cellula ospite.
  • sublineage AY.4.2: 27 sequenze appartengono a questa VUM. Il sublineage AY.4.2 si è rapidamente diffuso nel Regno Unito a partire dal mese di giugno 2021, e si caratterizza per la presenza di due mutazioni nella proteina Spike: Y145H e A222V. Non ci sono evidenze di correlazione tra queste mutazioni e un’aumentata trasmissibilità del virus, né di una maggiore capacità di evasione del sistema immunitario. Ad oggi in Italia sono stati identificati 119 virus appartenenti al sublineage AY.4.2.

Risultato della sorveglianza ISS – 24 agosto 2021

Si riportano sinteticamente i risultati ottenuti nell’ultima sorveglianza straordinaria nazionale sulle varianti di SARS-CoV-2 coordinata dall’ISS sui campioni positivi COVID-19 notificati il 28 settembre 2021, per un totale di 163 campioni analizzati. I virus sequenziati appartengono tutti alla variante Delta e si possono suddividere nel lineage B.1.617.2 e nei suoi relativi sublineages AY.x come riportato in tabella 2.

Tabella 2. Frequenza del lineage B.1.617.2 e dei diversi sublineages di variante delta identificati in Veneto durante la sorveglianza del 28 settembre 2021.

Lineage/sublineages N. sequenze Frequenza
B.1.617.2 72 44,17%
AY.4 68 41,72%
AY.5 1 0,61%
AY.6 2 1,23%
AY.7.1 1 0,61%
AY.7.2 4 2,45%
AY.9 8 4,91%
AY.14 1 0,61%
AY.23 2 1,23%
AY.34 4 2,45%

 

La variante delta è stata identificata in tutte le provincie. La sua prevalenza nel territorio regionale conferma i dati ottenuti nel mese di agosto, in cui la variante delta rappresentava già il 100% dei campioni analizzati nell’ambito della sorveglianza.

L’ISS non ha previsto nessuna sorveglianza nazionale per il mese di ottobre. Per il mese in corso l’andamento delle varianti a livello nazionale è stato monitorato attraverso i dati depositati nella piattaforma ICOGEN.

Referenze