Aggiornamento sulle caratteristiche genetiche di SARS-CoV-2 identificati in Veneto (2° aggiornamento)

Su mandato regionale l’Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie (IZSVe) sta monitorando le caratteristiche genetiche e la variabilità dei ceppi di SARS-CoV-2 presenti in Veneto. Nelle ultime settimane è stata effettuata la sequenza del genoma completo di 8 ceppi SARS-CoV-2 identificati nelle province di Vicenza e Treviso tra il 2 e il 21 dicembre, per un totale di 53 campioni analizzati da novembre.

Questi 8 virus appartengono a cinque diversi lineage (o varianti), portando il numero totale di lineage circolanti in Veneto da novembre a dieci. Cinque degli otto casi analizzati riguardavano soggetti provenienti dal Regno Unito. L’analisi condotta ha dimostrato che questi campioni appartengono ai lineage B.1.1.7 (variante inglese VUI 202012/01), B.1.1.1 e B.1.177.7. I rimanenti tre campioni appartengono ai lineage B.1.258 e B.1.177. A livello nazionale il 4,6% e il 45% delle sequenze disponibili in GISAID in data 30/12/20 ottenute da campioni prelevati nel periodo Novembre-Dicembre appartengono rispettivamente ai lineage B.1.258 e B.1.177 (figure 1 e 2).

Si sottolinea che il numero di campioni sequenziati ad oggi dall’IZSVe è limitato rispetto al numero di casi positivi in Veneto e fornisce solo un’istantanea parziale delle possibili varianti circolanti nel territorio.

Si ringraziano tutti i laboratori della Regione che hanno fornito e continuano a fornire i campioni necessari allo studio dei SARS-CoV-2 circolanti in Veneto.

Descrizione delle varianti identificate

Analisi filogenetica (Pangolin lineage)

I virus circolanti in Veneto da novembre 2020 appartengono a dieci diversi Pangolin lineage (B.1.1.1, B.1.1.217, B.1.1.241, B.1.160, B.1.160.7, B.1.177, B.1.221, B.1.258, B.1.177.7, B.1.1.7). I lineage B.1.1.7 e B.1.177.7 non erano mai stati identificati in Veneto prima d’ora.

Nessuno dei 53 campioni analizzati finora appartiene al lineage B.1.351 (variante identificata in Sud Africa).

Analisi delle mutazioni

I virus identificati appartenenti al lineage B.1.1.7 (“variante inglese” VUI-202012/01) presentano tutte le 17 mutazioni caratteristiche di tale variante, inclusa la mutazione N501Y nel sito di legame al recettore della proteina Spike e la delezione in posizione 69-70. È stata inoltre riscontrata la presenza della mutazione N439K nel sito di legame al recettore della proteina Spike nei due campioni appartenenti al lineage B.1.258. Tale mutazione è stata associata ad un aumento dell’affinità per il recettore umano ACE2 e alla capacità di eludere l’attività neutralizzante di alcuni anticorpi monoclonali e di anticorpi presenti nel siero di una parte di individui guariti dall’infezione (Thomson et al., non peer-reviewed). Ad oggi, la mutazione N439K non è stata associata ad un aumento della severità della malattia.

Elenco delle mutazioni rilevanti nella proteina Spike identificate nei campioni del Veneto da novembre

Figure (cliccare per ingrandirle)

Figura 1. Distribuzione dei diversi lineage per mese in Italia.

Figura 2. Distribuzione mensile dei principali lineage circolanti. A sinistra il dato relativo all’Italia mentre a destra quello relativo alla sola regione Veneto. Si può notare in entrambi i grafici che i genotipi B.1, B.1.5 e B.1.1 non sono più stati rilevati nella seconda metà dell’anno mentre sono invece diventati prevalenti i genotipi B.1.177 e B.1.160 (dati basati sulle sequenze italiane disponibili in GISAID in data 30/12/2020).

Referenze

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