Di seguito i risultati ottenuti nell’ambito dell’attività sorveglianza coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) “Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) e di altre varianti di SARS-CoV-2 in Italia” sui campioni positivi per COVID-19 notificati in Veneto il 5 luglio 2022.

È stato ottenuto il genoma completo di 207 campioni inviati da 11 diversi laboratori distribuiti nella regione.  Il 100% dei campioni analizzati appartiene alla variante Omicron.

Varianti identificate

All’interno della variante Omicron si distinguono cinque lineage principali BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 e BA.5 e diversi sub-lineages. BA.1, BA.2, BA.4 e BA.5 e relativi sublineage sono classificati da ECDC come VOC (Varianat of Concern) (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern).

Nel corso della sorveglianza del 5 luglio in Veneto sono stati identificati i seguenti lineages:

Variante %
BA.5 e sublineages 75,8%
BA.4 e sublineages 14%
BA.2 e sublineages 9,7%
BA.1 e sublineages 0,5%

 

Rispetto alla sorveglianza precedente si osserva un notevole incremento delle varianti BA.4 e BA.5, che complessivamente hanno raggiunto una prevalenza dell’89,8%. La variante BA.5 è passata da una frequenza del 22% (7 giugno) ad una frequenza del 75,8% (5 luglio), diventando la variante prevalente in Veneto, mentre la variante BA.4 ha subito una aumento di frequenza di 12 punti percentuale, passando dal 2% del 7 giugno al 14% del 5 luglio.

Distribuzione sul territorio

I lineage identificati nel corso della sorveglianza sono così distribuiti tra le province del Veneto:

Provincia BA.1 BA.2 BA.4 BA.5
Belluno – 8,7% 21,7% 69,6%
Padova – 5,0% 15,0% 80,0%
Rovigo – 20,0% 20,0% 60,0%
Treviso – 12,5% 4,2% 83,3%
Venezia – 20,6% 11,8% 67,6%
Verona – 8,6% 17,1% 74,3%
Vicenza 2,2% 4,3% 13,1% 80,4%

 

Padova, Treviso e Vicenza sono le tre province con la più alta frequenza di BA.5 (>80%), mentre la maggiore frequenza di BA.4 si osserva nelle province di Belluno e Rovigo (>20%).

Mutazioni

Si segnala la presenza in un campione BA.2 delle seguenti mutazioni aggiuntive nel sito di legame al recettore della proteina Spike: R346T, S375Y, K444N.

Nello specifico:

  • R346T: la mutazione R346T è presente in 7.226 sequenze (disponibili in GISAID al 11/07/2022), di cui il 45% è rappresentato da BA.2, il 17% da BA.4 e l’8% da BA.2.9.4. Questa mutazione potrebbe avere un impatto sul riconoscimento da parte degli anticorpi (Greaney et al., 2022) e aumentare l’affinità del legame della variante BA.2 al recettore ACE2, rendendo il virus più trasmissibile (Starr et al., 2020).
  • S375Y: tale mutazione è presente in 87 sequenze (disponibili in GISAID al 11/07/2022), principalmente AY.119 (55%), AY.4 (10%) e BA.2 (9%). Non si conosce ad oggi il ruolo di questa mutazione.
  • K444N: La mutazione K444N è presente in 2037 sequenze (disponibili in GISAID al 11/07/2022), tra cui BA.2.38 (12%), AY.4 (10%) e  BA.2 (9%). È stato osservato che sostituzioni amminoacidiche in questa posizione possono conferire una maggiore resistenza ad alcuni anticorpi monoclonali (Liu et al., 2021 – Weisblum et al., 2020). La mutazione K444N, nello specifico, è stata associata a una ridotta sensibilità (755 volte) all’imdevimab.

Referenze

Ringraziamenti

Si ringraziano l’UOSD Genetica e Citogenetica – Azienda ULSS 3 Serenissima per aver contribuito alla generazione delle sequenze e le ULSS 1, ULSS 2, ULSS4, ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, le U.O.C Microbiologia e virologia dell’Azienda ospedaliera-Università di Padova e dell’Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno selezionato e inviato i campioni oggetto della sorveglianza.