Di seguito i risultati ottenuti nell’ambito dell’attività sorveglianza coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) “Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) e di altre varianti di SARS-CoV-2 in Italia” sui campioni positivi per COVID-19 notificati in Veneto il 7 giugno 2022.

È stato ottenuto il genoma completo di 98 campioni prelevati in data 6-7 giugno 2022, inviati da 11 diversi laboratori distribuiti nella Regione del Veneto.  Il 100% dei campioni analizzati appartiene alla variante Omicron.

All’interno della variante Omicron si distinguono cinque lineage principali BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 e BA.5 e diversi sub-lineages. BA.1, BA.2, BA.4 e BA.5 e relativi sublineage sono classificati da ECDC come VOC (Varianat of Concern) (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern). Nel corso della sorveglianza del 7 giugno in Veneto sono stati identificati i seguenti lineages:

Variante n. campioni %
BA.2 e suoi sublineages 72 74%
BA.5 e suoi sublineages 22 22%
BA.4 2 2%
BA.1 e suoi sublineages 1 1%
Ricombinante BA.1/BA.2 1 1%

Variante BA.2

BA.2 si conferma essere la variante prevalente in Veneto, tuttavia, rispetto alla sorveglianza precedente (3 maggio 2022) è passata da una frequenza del 98.7%  ad una frequenza del 74%. Tra i suoi sub-lineage, segnaliamo BA.2.12.1 (5%) e BA.2.13 (1%) che si contraddistinguono per le mutazioni nella proteina Spike L452Q + S704L (BA.2.12.1) e L452M (BA.2.13), associate ad un potenziale aumento della trasmissibilità ed evasione della risposta immunitaria rispetto a BA.2 (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.04.30.489997v1.full).

Variante BA.5

Rispetto alla sorveglianza precedente si osserva un notevole incremento della variante BA.5, che è passata dallo 0% al 22%, diventando il secondo lineage più diffuso nella regione. La prima identificazione in Veneto del lineage BA.5 risale all’11 maggio 2022, ad indicare un notevole aumento della sua frequenza in poche settimane. Nello specifico, i campioni appartenenti al lineage BA.5 identificati nel corso della sorveglianza sono così distribuiti tra le province del Veneto:

Provincia n. BA.5 %
Padova 5 23%
Treviso 5 23%
Vicenza 5 23%
Verona 3 14%
Venezia 2 9%
Belluno 1 4%
Rovigo 1 4%

Variante BA.4

Come BA.5, anche la variante BA.4 ha fatto il suo ingresso nella nostra regione mese di maggio 2022 (in provincia di Venezia). Nell’ambito di questa sorveglianza il lineage BA.4 è stato identificato in due campioni prelevati in provincia di Vicenza e di Treviso.

Ricombinante BA.1/BA.2

Il ricombinante BA.1/BA.2 è stato identificato nella provincia di Treviso. È un ricombinante il cui punto di ricombinazione si colloca nella regione che codifica per la proteina NSP3. Un campione simile era già stato isolato in provincia di Padova nel corso del mese di maggio.

Ringraziamenti

Si ringraziano l’UOSD Genetica e Citogenetica – Azienda ULSS 3 Serenissima per aver contribuito alla generazione delle sequenze e le ULSS 1, ULSS 2, ULSS4, ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, le U.O.C Microbiologia e virologia dell’Azienda ospedaliera-Università di Padova e dell’Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno selezionato e inviato i campioni oggetto della sorveglianza.